Mạc Hồng Quân bắt đầu trở về nước thi đấu ở V.League trong màu áo của Thanh Hóa từ giai đoạn 2 của V.League 2013 với một bản hợp đồng mượn 3 tháng từ CLB Sparta Prague (CH Czech). Mức lương lúc đó Mạc Hồng Quân nhận được như anh chia sẻ thời điểm ấy là khá thấp.
Mùa giải kế tiếp anh được Thanh Hóa ký hợp đồng chính thức với thời hạn 1 năm nhưng đã sớm đền bù 500 triệu đồng để chuyển tới đội bóng khác là Hùng Vương An Giang vì anh không được ra sân nhiều ở Thanh Hóa. Tránh vỏ dưa anh gặp vỏ dừa khi cũng chỉ không lâu sau, Hùng Vương An Giang phải giải thể vì không còn kinh phí hoạt động anh được QNK Quảng Nam mời gọi với một bản hợp đồng 2 năm. Dẫu vậy chưa thi đấu trận nào anh đã chuyển sang một đội bóng mới hơn là Than Quảng Ninh với thời hạn 3 năm cùng mức đền bù 500 triệu cho đội bóng mà anh chưa thi đấu một trận nào.
Hồi tháng 12/2014, Mạc Hồng Quân đầu quân cho Than Quảng Ninh với bản hợp đồng có thời hạn 3 năm trị giá 4,5 tỉ đồng và anh trở thành cầu thủ có thu nhập cao nhất ở V-League. Như vậy, vị chi mỗi năm Than Quảng Ninh phải trả cho tiền đạo gốc Hải Dương 1,5 tỉ đồng, tức là mỗi tháng, Mạc Hồng Quân bỏ túi hơn 100 triệu.
Ngoài mức lương hàng tháng, Mạc Hồng Quân còn có các thu nhập khác từ tiền lót tay, tiền thưởng, tiền quảng cáo, đóng phim,… Ngoài ra, cuối năm 2015 vừa qua, tiền đạo Việt Kiều cũng tham gia đóng một bộ phim điện ảnh. Theo tìm hiểu, mức cát xê mà anh nhận được sau hơn 1 tháng tham gia đóng phim là 90 triệu đồng.
Có thể thấy thu nhập của Mạc Hồng Quân cũng là một con số khiến nhiều người mơ ước. Trước đó, ngay sau khi Kỳ Hân chia sẻ rằng mỗi tháng Mạc Hồng Quân chu cấp cho con trai của Khánh Ly 60 triệu, nữ diễn viên “Nhật ký vàng anh” khẳng định đó là hoàn toàn là chuyện không có thật.
“Từ khi chia tay Mạc Hồng Quân đến nay, tôi không nhận được bất kỳ cuộc gọi điện nào của Quân cả, thế nên chuyện anh Quân chu cấp tiền cho con trai tôi mỗi tháng là hoang đường. Tôi khẳng định, đến thời điểm này, con trai tôi chưa nhận được bất cứ đồng nào từ Mạc Hồng Quân. Và mẹ con tôi cũng không muốn bất kỳ sự dính dáng hay liên quan gì đến Mạc Hồng Quân nữa”, Ly Kute từng cho biết.
